Python使用Statsmodels进行生存分析、协变量分析等生存数据分析
在使用Statsmodels进行生存数据分析之前,需要先安装Statsmodels和相关的类库。可以使用以下命令来安装:
pip install statsmodels
Statsmodels是一个Python库,提供了用于统计建模和推断的函数,它包含了许多统计模型,用于线性回归、时间序列分析、假设检验等。在Statsmodels中,生存分析是通过`lifelines`类库来实现的。
在进行生存数据分析之前,首先需要导入必要的类库:
python
import pandas as pd
import numpy as np
from lifelines import CoxPHFitter
接下来,如果有可下载的数据集,可以使用`pandas`库来加载数据集。例如,我们可以使用`lifelines`自带的数据集`waltons`作为样例数据集:
python
from lifelines.datasets import load_waltons
`waltons`数据集包含了19世纪末期在约克郡的两个教堂中的137名牧师的存活数据。
python
data = load_waltons() # 加载数据集
print(data.head()) # 打印前几行数据
数据集的每一行代表了一个观测数据点,其中包含了观测时间和是否事件发生的信息。
完成准备工作后,可以开始实现生存数据分析模型。以下是一个完整的样例代码,使用Cox比例风险回归模型来分析waltons数据集:
python
import pandas as pd
import numpy as np
from lifelines import CoxPHFitter
from lifelines.datasets import load_waltons
# 导入数据集
data = load_waltons()
print(data.head())
# 创建CoxPHFitter实例
cph = CoxPHFitter()
# 拟合模型
cph.fit(data, 'T', event_col='E')
# 打印模型的系数
print(cph.summary)
在这个样例中,我们首先从`lifelines`库中导入了`CoxPHFitter`类,然后加载了waltons数据集。接着,我们创建了一个`CoxPHFitter`实例,并使用`fit`方法对模型进行拟合。最后,我们打印了模型的系数。